Местонахождение сегодняйшей Албуфейры соответствует фортификационному римскому поселению Балтум, с развитой инфраструктурой, в частности дорог и мостов-акведуктов. Название города происходит от арабского al-buheira, что означает “лагуна” или “озеро, созданное морем”.
Во время оккупации арабы построили мощные оборонительные сооружения, а также дали толчок к развитию сельского хозяйства за счёт применения новой технологии и развитию сельскохозяйственных культур, используя воду плотин для ирригации заброшенных полей, превратив весь край в цветущий сад.
Захват города христианами произошёл во время правления короля Д. Афонсу III, происшедшего не без трудностей за счёт существующих мощных крепостных стен. В 1504 г. Д. Manuel I предоставил особые административные права поселению Албуфейры.
После цунами, вызванного землятресением 1755 г., Албуфейра была практически разрушена. Поселение достаточно пострадало во время войн между либералами и мигелистами в XIX в., и население выживало с трудом, в основном за счёт рыбной ловли и индустии консервов.
В 60-х годах XX в. начала процветать индустрия туризма, придавшая динамизм экономическому развитию региона. Благодаря урбанизации 80-х годов Албуфейра получила стасус города (1986 г.).
